Ancona, 1939. Giovanni Terzani viene chiamato da Volterra a dirigere l'ospedale psichiatrico dopo l'allontanamento del suo predecessore in seguito alle leggi razziali. Medico convinto della necessità di restituire dignità e umanità ai ricoverati, si trova subito a confrontarsi con un ambiente ancora legato a vecchie concezioni della psichiatria e con un regime che ha trasformato il manicomio in uno strumento di controllo.
Ad accoglierlo c'è Suor Agnese, la Madre Superiora: una donna apparentemente rigida, abituata all'ordine, alla disciplina e all'obbedienza, che porta alla cintura le chiavi di quel mondo chiuso. Accanto a lei ci sono Niccolini, ispettore del personale infermieristico, burbero ma profondamente umano, e i due infermieri Paolo ed Eleonora, che vivono ogni giorno a contatto con i ricoverati, condividendone sofferenze, paure e improvvisi momenti di serenità.
A Terzani si contrappone invece il vicedirettore Giulio Malfatti, legato ai vecchi metodi e insofferente verso le idee del nuovo direttore. Per lui i ricoverati devono soprattutto essere sorvegliati e tenuti sotto controllo; per Terzani sono persone da curare. Lo scontro tra i due diventa presto anche uno scontro con la Milizia fascista presente all'interno dell'ospedale: Terzani rifiuta le ingerenze del regime e cerca di impedire che il manicomio diventi un carcere.
È soprattutto attraverso Miglio e Nina che le idee di Terzani prendono corpo. Miglio, un uomo abbandonato dalla famiglia e segnato dalle violenze subite, ha smesso quasi completamente di parlare con gli uomini e ha trovato rifugio nel giardino: cura le piante e confida i propri pensieri alla grande magnolia. Nina, invece, non accetta la reclusione. Si ribella, tenta continuamente di fuggire e reclama ostinatamente il diritto alla libertà. Nel giardino i due si incontrano: Miglio si prende cura dei fiori veri, Nina ricorda quelli che da bambina ricamava sui fazzoletti.
Terzani prova con loro una strada diversa. Cerca di restituire fiducia a chi l'ha perduta, concede a Nina di uscire dall'ospedale accompagnando Eleonora al mercato e le affida un laboratorio di ricamo; difende Miglio dai metodi coercitivi e gli permette di continuare a lavorare nel suo giardino. Poco alla volta, anche chi inizialmente guarda con diffidenza il nuovo direttore comincia a interrogarsi sulle proprie certezze.
Ma intanto, fuori da quelle mura, la Storia avanza. Il fascismo, la guerra, i bombardamenti entrano progressivamente nella vita dell'ospedale. Terzani comprende prima di altri il pericolo e insiste perché la struttura venga evacuata. Quando si presenta la possibilità di trasferire almeno una parte dei ricoverati a Sassoferrato, tenta inutilmente di convincere le autorità: sono mesi che chiede un piano di evacuazione, ma le sue richieste rimangono inascoltate.
È in questo momento che un giorno arriva in ospedale Enrico Montironi, tenente del Regio Esercito reduce dalla battaglia di El Alamein. È sopravvissuto alla guerra, alla ritirata e alla malaria e torna in un'Italia molto diversa da quella raccontata dalla propaganda. Cerca suo padre Settimio, un anarchico sorvegliato dalla Milizia, del quale non ha più notizie da anni. Le sue ricerche lo conducono proprio da Terzani.
Quella ricerca diventa progressivamente anche una ricerca di se stesso. Con l'aiuto di Terzani, Enrico cerca di fare luce sul mistero che avvolge la scomparsa del padre e, nel tentativo di ricostruirne la storia, è costretto a confrontarsi con il proprio passato, con il regime nel quale aveva creduto e con le proprie scelte. Da questa ricerca nasce in lui una nuova consapevolezza, che lo porterà infine a decidere da che parte stare.
Poi arriva l'8 settembre 1943. L'armistizio, l'occupazione tedesca, la guerra che ormai investe direttamente Ancona. Le vicende personali dei protagonisti continuano mentre intorno a loro tutto si disgrega. Terzani non rinuncia al tentativo di mettere in salvo l'ospedale e i suoi ricoverati, ma le sue richieste continuano a scontrarsi con l'indifferenza e l'inerzia delle autorità: mentre cerca ormai da solo di predisporre almeno qualche forma di protezione, il pericolo si fa sempre più vicino.
Fino all'8 dicembre 1943.
Quel giorno il bombardamento raggiunge l'ospedale e interrompe ogni cosa. Le storie di Terzani, Miglio, Nina, Enrico, Suor Agnese, Niccolini, Paolo, Eleonora e Malfatti vengono travolte dalla Storia.
Alcuni si salveranno, altri moriranno sotto le bombe. Ma in un solo istante il mondo che abbiamo conosciuto insieme a loro non esisterà più.